上一部結(jié)尾，尼奧（基奴李維斯 飾）終于意識(shí)到自己的能力和使命，中彈復(fù)活后，變成了無(wú)所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凱莉·安·摩絲 飾），艦長(zhǎng)墨菲斯（勞倫斯·菲什伯恩 飾）回到了人類(lèi)的基地錫安，受到人們的熱烈歡迎。
此時(shí)，“母體”決定先下手為強(qiáng)，派出了兩萬(wàn)五千只電子烏賊攻擊錫安基地；墨菲斯、尼奧和崔妮蒂則再次進(jìn)入“母體”，尋找“制鑰者”，準(zhǔn)備從內(nèi)部破壞；而本該被尼奧消滅的特勤史密斯似乎出了點(diǎn)問(wèn)題，脫離了“母體”的控制，擁有可怕的復(fù)制能力，阻礙尼奧他們的行動(dòng)。